经营加工贸易出口的基本程序
1.办理进口料、件的免税申请和《加工贸易登记手册》的申领手续
经营加工贸易业务的单位，应于料、件进口前，根据银行保证金台帐制度的要求办理开户登记手续；然后持国务院有关主管部、委或盛自治区、直辖市、计划单列市对外经济贸易管理机关以及他们授权的管理部门或者有关主管部门（包括各进出口总公司，盛自治区、直辖市厅局级工业主管部门）颁发的《加工贸易合同批准证》，连同加工贸易合同副本或订货卡片，向主管海关办理登记备案手续，并由海关核发《加工贸易登记手册》。
2.向银行申请开设保证金台帐的手续
目前中国银行是唯一授权办理开设加工贸易进口料件银行保证金台帐业务的银行，其他银行均不受理该项业务。根据银行保证金台帐制度的有关规定，经营加工贸易企业一律向加工生产企业主管海关所在地的中国银行分（支）行申请开设银行保证金台帐。
3.加工贸易进出口报关实务
为加强海关对加工贸易的监管，准确采集保税企业进出口货物数据，使前期备案与后期核销有机地结合起来，保证核销数据的准确、真实，杜绝假单证核销现象，海关对保税货物的进出口报关进行规范是极其必要的。
具体要求与手续如下：
(1).企业应符合以下条件才能到口岸海关办理保税货物进出口报关手续：
1)、企业已申领到《登记手册》，并在有效期内；
2)、接受申报的口岸海关计算机内必须有企业所持加工贸易登记手册的计算机的备案资料；
3)、加工贸易登记手册电脑备案资料应在有效期内；
4)、异地报关使用IC卡的，企业应申领到IC卡。
(2).企业向海关申报保税货物进出口的操作流程如下：
报关单预录入——审单——查验——放行
(3).报关前企业应准备好以下单证：
1)、有效的加工贸易《登记手册》；
2)、已预录入的进口或出口货物报关单；
(4)、海关要求的其他有关单证
加工贸易进出口货物报关单应按《中华人民共和国海关进出口货物报关单填制规范》的要求填写，并注意以下几点：
1)、一份报关单只能填报一本《登记手册》项下料件的进口或成品的出口，否则应分单填报；
2)、备案号栏应填报实际进口或出口的手册编号；
3)、贸易方式栏应根据实际情况按规定选择相应的贸易方式填报，包括来料加工（0214）、进料对口（0615）、进料非对口（0715）、三资进料加工（2215）等贸易方式；
4)、企业所申报进口或出口货物的序号、品名、规格、计量单位必须与在海关备案的加工贸易登记手册上的进口料件或出口成品的序号、品名、规格、计量单位完全一致。
(5).报关时，加工贸易登记手册应按以下方法填写：进口料件的基本情况（包括进口报关日期、运输工具名称、货物名称规格、数量、价值等）填在登记手册的“进口料件报关登记表”栏内；出口成品的基本情况（包括出口报关日期、运输工具名称、货物名称规格、数量、价值等）填在登记手册的“出口成品登记表”栏内。
(6).海关总署规定 5000美元以下、 78种以内客供辅料，因不核发《登记手册》，报关时不按加工贸易方式报关，按一般贸易方式报关进出口。报关单的备案号栏填报“CXXXX0000000”，第二至五位为关区号。其他内容按《中华人民共和国海关进出口货物报关单填制规范》填报。